CALPUFF估算的处理步骤通常与典型的模型应用相同，不同的是在处理气象数据时没有采用CALMET。估算步骤主要包括：选择一个有代表性的地面站和一个有代表性的高空站；识别污染源，如污染物排放速率等；确定受体网格；选择适合的模型选项等。在估算应用中主要包括以下四个步骤：

CPRAMMET（或 EPA的PCRAMMET）-将气象数据处理成ISC ASCII格式，包括沉降和能见度计算所需的扩展格式。注意，尽管CPRAMMET与PCRAMMET的输入数据完全相同，但两个处理程序还是一些差异，具体参考FAQ1.3.5。

CALPUFF — 计算各污染物的小时浓度与沉降通量，创建小时浓度、沉降通量以及与能见度相关的参数（相对湿度）等二进制文件，以供后处理步骤之用。

POSTUTIL — 将由CALPUFF所创建的二进制干、湿沉降通量文件结合并成一个总沉降文件。另外，还可以计算总硫沉降通量（SO2与硫酸盐）和总氮沉降通量（NO2、硝酸盐、HNO3），以及合并成总的沉降文件。

CALPOST — 读取二进制浓度与沉降通量文件，以计算污染物、指定时段的平均浓度与沉降通量。还可根据模拟浓度计算相关的消光系数，评估能见度恶化的情况。

CALPUFF估算应用的设计是专门为了评估对较远的美国Class I区域的影响。在IWAQM阶段二报告中或FLAG 2000年的文件中均可找到有关指定选项与考虑因素的详细信息。

在《以CALPUFF建模系统应用EPA级别I估算方法的指引（2001年9月）》（Guide for Applying theEPA Class I Screening Methodology with the CALPUFF Modeling System(September 2001)）这份文件中，提供了关于为CALPUFF、POSTUTIL与CALPOST创建适当输入文件的逐步指引。